2003年6月学校成立了东北文献研究所，主要侧重东北边疆历史文献的整理与研究工作。2004年吉林省教育厅将高句丽渤海文献研究中心设在我校。在国家启动东北工程时，我校承担了工程办公室的委托项目：筹建“中国东北边疆历史研究资料信息中心（中文部分）”。经过近20年的建设，广泛收集国内外有关中国东北史、东北民族史、东北疆域史及中日、中俄、中朝（韩）关系史等方面的大型古籍、珍稀文献、域外汉籍和台版文献等，囊括了中、日、朝（韩）俄等不同语种，内容涉及20余个学科大类，3万余种、4万余册。同时，建成高句丽渤海国研究文献数据库检索平台（http://202.198.97.208:8080）,共四个分库，十四个子库，包含中日朝韩俄英等语种图书1563册，论文10106篇。

2007年和2018年，中国社科院中国边疆研究所专家组对信息中心考察后，给予了高度赞誉。评价中心文献数量与质量位居国内前列，特色鲜明、权威性高、国内首屈一指。

东北文献研究所主要包括：中国东北边疆历史研究资料信息中心、珍稀文献资料室。主要负责搜集和整理各类东北文献研究资料，建设并维护东北文献研究数据库，为相关研究人员提供检索与下载服务。组织科研队伍，确定研究方向，制订科研计划，积极组织申报各级各类科研项目。不断加强对学校教学、科研及学科建设工作的支撑，积极促进成果转化，为我校申请特博项目和申办大学、国家级重大科研项目、吉林省重中之重优势特色学科等建设过程中发挥了重要作用。